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荧光定量PCR引物设计要求
荧光定量PCR引物的具体设计要求:
。最好位于编码区5’端的300-400bp区域内,可以用DNAman,Alignment 软件看看结果。
2. 产物不能形成二级结构()。
-25碱基之间,上下游引物不能相差太大。
+C含量在40%~60%之间,45-55%最佳。
,尽量均匀。
。
。
′端可以修饰。
′端不可修饰,而且要避开AT,GC rich的区域,避开T/C,A/G连续结构(2-3个)。
10. 引物3′端要避开密码子的第3位。
‘端大于3’端,且3‘端自由能最好小于9KJ/mol。
可用oligo 6 软件进行比对看结果的情况。
-150bp最好,最长是300bp.
,最好跨外显子接头区。
%或者有8个互补碱基同源。
。假基因就是无功能的DNA序列,与需要扩增的目的片段长度相似。
-62度之间。
有专门针对荧光的。
ATCAATGAAGGACTGGAGAGGTGGAAG
5' GAGC 3'
5' AG 3'
ACTGGAGTCTT
ATCAATGAAGGACTGGAGAGGTGGAAG
5' GAGC 3'
5' CAACAGTCTTTTGAGTGGCAG 3'
荧光定量PCR引物的具体设计要求:
。最好位于编码区5’端的300-400bp区域内,可以用DNAman,Alignment 软件看看结果。
2. 产物不能形成二级结构()。
-25碱基之间,上下游引物不能相差太大。
+C含量在40%~60%之间,45-55%最佳。
,尽量均匀。
。
。
′端可以修饰。
′端不可修饰,而且要避开AT,GC rich的区域,避开T/C,A/G连续结构(2-3个)。
10. 引物3′端要避开密码子的第3位。
‘端大于3’端,且3‘端自由能最好小于9KJ/mol。
可用oligo 6 软件进行比对看结果的情况。
-150bp最好,最长是300bp.
,最好跨外显子接头区。
%或者有8个互补碱基同源。
。假基因就是无功能的DNA序列,与需要扩增的目的片段长度相似。
-62度之间。
有专门针对荧光的。
ATCAATGAAGGACTGGAGAGGTGGAAG
5' GAGC 3'
5' AG 3'
ACTGGAGTCTT
ATCAATGAAGGACTGGAGAGGTGGAAG
5' GAGC 3'
5' CAACAGTCTTTTGAGTGGCAG 3'
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