SNP检测方法.ppt

单核苷酸多态性（SNP）
2011/5/9
主要内容
一、SNP概念、分类与特点
二、SNP检测技术
三、SNP研究现状
四、SNP应用前景
SNP(single nucleotide polymophism) 即单核苷酸多态性，是指群体中变异频率大于1 %的单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性，包括转换、颠换、缺失和插入。但是比较常见的是转换和颠换，大约占80%。
一般来说，一个 SNP 位点只有两种等位基因，因此又叫双等位基因。SNP在人基因组中的发生频率比较高，大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点。
SNP概念
SNP分类
根据在基因中的位置，SNP 可分为基因编码区SNP(coding SNP, cSNP)、基因内含子区SNP和基因调控区SNP(regulatory SNP, rSNP)。
其中cSNP根据是否改变编码的氨基酸又可分为同义cSNP (synonymous cSNP)和非同义cSNP (non-synonymous cSNP)。
SNP的主要特征
（一）、密度高。SNPs 在人类基因组中的总数超过300万。
（二）、遗传稳定性好。
（三）、分布不均匀。非编码区的数目远远大于编码区的数目。
（四）、具有代表性。
（五）、分析易自动化。由于每个SNP 位点通常仅含两个等位基因——双等位基因(biallele)，在检测时能通过一个简单的“+/−”分析进行基因型分型，而无需分析片段的长度，因而易于自动化。
SNP检测技术
理想的检测SNPs的方法
——发现未知的SNPs，或检测已知的SNPs
必须具备以下优点:
(1) 适合自动化操作,简便、迅速;
(2) 分析费用低,特殊试剂用量少;
(3) 反应要严紧,即使不纯的样品也可得到可靠的结果;
(4) 数据分析简单,易于自动化分析;
(5) 反应的通量要大而灵活,一天可以完成几百，甚至到上百万个样品的检测与分析。
现在常用的SNP检测技术：




另外还包括化学法（如高锰酸钾法），物理法（例如基质辅助的激光吸附／离子化飞行时间质谱分析）等。

原理:
短的核苷酸探针在和互补的目的片段进行杂交时，在完全匹配和有错配两种情况下，根据杂交复合体稳定性的不同而将SNPs 位点检测出来。（Tm差异越大，检测的特异性就越好）
分为： (1）利用△Tm；
(2）杂交+荧光探针。
(1)利用△Tm
固定温度
等位基因特异核苷酸探针 (Allele-specific oligonucleotide ，ASO) 。
修饰过的探针：引入一个错配的碱基、 PNA、 LNAs 等
动态的加热过程
动态等位基因特异杂交 (dynamic allele-specific hybridization, DASH)
核酸肽探针（Peptide nucleic acids，PNA)
其骨架是肽键
特点：
1、与靶分子高特异性地结合（3个方面的影响）；
2、链挤入 （形成三链复合结构）（表达调控以及反义治疗方面）；
3、对核酸酶和蛋白酶均不敏感（体外应用）。