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影响多聚腺苷化效能的全基因组SNPs的提取方法的中期报告.docx
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影响多聚腺苷化效能的全基因组SNPs的提取方法的中期报告.docx
该【影响多聚腺苷化效能的全基因组SNPs的提取方法的中期报告 】是由【niuwk】上传分享,文档一共【2】页,该文档可以免费在线阅读,需要了解更多关于【影响多聚腺苷化效能的全基因组SNPs的提取方法的中期报告 】的内容,可以使用淘豆网的站内搜索功能,选择自己适合的文档,以下文字是截取该文章内的部分文字,如需要获得完整电子版,请下载此文档到您的设备,方便您编辑和打印。(polyadenylation)是生物学中一个重要的基因表达后调控机制,它是通过核苷酸多聚化酶(PAP)催化RNA分子的3'末端添加一个长尾(即poly(A)尾巴)来完成的。加长的3'UTR可影响mRNA的转录率、稳定性、局部化和翻译效率等不同方面,从而影响基因的表达和信使RNA的功能。多重敲除或过表达多个poly(A)聚合酶基因的CSS1(caffeine-suppressibleexpressionsuppressor1)突变引起的不同的稳态聚苷化模式和表型变化的研究:表明PAP基因的多态性对于RNA保护和代谢调控方面的生物学功能异常重要;同时国际质量控制项目(ENCODE)的数据拓扑、编辑时候的多型性和特定环境的调节等方面的分析也均展示出了多聚腺苷化在各种生物过程中起重要作用的证据。因此对于多聚腺苷化后调控机制和PAP酶基因的系统基因组性研究变得时机成熟。,但是现在能够通过新技术、新思路以及新材料来EUREKA地找到答案了。为此我提出一个更加全面深入地研究多聚腺苷化机制的研究方法,这就要求我们在全基因组范围内进行基因分型和多聚腺苷化效应的分析,以探究基因多态性变异和其他序列差异对多聚腺苷化效应的影响,进一步为poly(A)聚合酶基因的功能鉴定和多聚腺苷化调控机制的解析提供新的思路和资源。,这些数据包括多种类型的变异信息,如SNP(singlenucleotidepolymorphisms),Indel(插入/缺失突变)和SV(结构变异)。对于这些变异信息我们使用GATK和SAMtools两个软件进行统计和过滤。过滤条件为:QD<||FS>||MQ<||MQRankSum<-||ReadPosRankSum<-,其中QD、FS、MQ、MQRankSum和ReadPosRankSum都是基于测序质量的评估指标。,我们已经完成了从NCBI下载人类全基因组的基因分型数据和利用SAMtools、GATK进行数据过滤和统计分析等工作。接下来我们将进一步对SNPs信息和数据质量进行分析,以期从众多序列变异中确定与多聚腺苷化效能相关的SNPs,并对其进行相关性检验以阐明多聚腺苷化机制及其调节通路。最终的研究结果将为未来有关基因表达调控及信号通路传递方面提供更加基础化、全面化的理论证据。
影响多聚腺苷化效能的全基因组SNPs的提取方法的中期报告 来自淘豆网www.taodocs.com转载请标明出处.
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