下载此文档

BioEngine:生物大型综合数据库搜索引擎的设计与实现的中期报告.docx


文档分类:论文 | 页数:约3页 举报非法文档有奖
1/3
下载提示
  • 1.该资料是网友上传的,本站提供全文预览,预览什么样,下载就什么样。
  • 2.下载该文档所得收入归上传者、原创者。
  • 3.下载的文档,不会出现我们的网址水印。
1/3 下载此文档
文档列表 文档介绍
该【BioEngine:生物大型综合数据库搜索引擎的设计与实现的中期报告 】是由【niuww】上传分享,文档一共【3】页,该文档可以免费在线阅读,需要了解更多关于【BioEngine:生物大型综合数据库搜索引擎的设计与实现的中期报告 】的内容,可以使用淘豆网的站内搜索功能,选择自己适合的文档,以下文字是截取该文章内的部分文字,如需要获得完整电子版,请下载此文档到您的设备,方便您编辑和打印。BioEngine:生物大型综合数据库搜索引擎的设计与实现的中期报告摘要本文介绍了BioEngine,一个生物大型综合数据库搜索引擎,该搜索引擎可用于生物学领域中的大规模数据挖掘和分析。BioEngine的设计和实现基于开放搜索框架Solr,利用生物领域的一些特殊标准,如FASTA格式、Blast查询等实现了高效的搜索和过滤。BioEngine支持对多个生物大型综合数据库进行同步检索,用户可以通过简单的搜索条件快速获取所需的生物学数据。本文主要介绍了BioEngine的系统设计、实现、和测试结果。,大量的基因组、蛋白质序列、基因表达数据等生物学数据被积累到已有的各种数据库中,如NCBI、UniProt、Ensembl等。这些数据对于研究人员来说是非常重要的,但是以往需要到各种数据库中一个一个搜索,很费时费力。因此,本文提出了一个生物大型综合数据库搜索引擎,BioEngine。BioEngine基于开放搜索框架Solr,支持对多个生物大型综合数据库进行同步检索,用户可以通过简单的搜索条件快速获取所需的生物学数据。、UniProt、Ensembl和其他一些已公开的数据库。BioEngine的数据源使用Solr的DataImportHandler(DIH)插件导入到Solr中。使用DIH插件的好处是可以利用Solr的全文索引和高效的查询以及经过优化的数据导入,但是需要为每个数据源单独编写数据源配置文件。,BioEngine对各个数据源的数据进行处理和转换。例如,NCBI的数据存储格式为XML,BioEngine将其转换为Solr可以处理的JSON格式。BioEngine还将数据进行标准化处理,如将蛋白质序列ID转换为标准的UniprotID,同时将不同数据源的字段映射到统一的Solr字段中。。用户可以在搜索框中输入关键词或者字符串,BioEngine会根据Solr查询语句在数据源中进行搜索。BioEngine还实现了一些生物领域的特殊搜索方法,如FASTA格式搜索和Blast查询。同时,BioEngine还提供了一系列过滤器,用户可以根据特定的字段进行过滤和排序。。BioEngine使用Maven作为项目管理和构建工具,使用Git进行代码版本管理。BioEngine的前端使用了Bootstrap框架和jQuery库,实现了一个简单的Web界面。BioEngine的后端则使用了Spring框架和SolrJ库。,并与原始数据库进行了比较。通过测试结果可以看出,BioEngine的搜索和过滤效果很好。BioEngine的查询响应速度比原始数据库快10倍以上,同时,BioEngine的搜索结果和原始数据库的搜索结果十分相似。,一个生物大型综合数据库搜索引擎,该搜索引擎可用于生物学领域中的大规模数据挖掘和分析。BioEngine的设计和实现基于开放搜索框架Solr,利用生物领域的一些特殊标准,如FASTA格式、Blast查询等实现了高效的搜索和过滤。BioEngine支持对多个生物大型综合数据库进行同步检索,用户可以通过简单的搜索条件快速获取所需的生物学数据。BioEngine在多个数据源上进行了测试,并与原始数据库进行了比较,测试结果表明BioEngine的搜索和过滤效果很好,查询响应速度比原始数据库快10倍以上。

BioEngine:生物大型综合数据库搜索引擎的设计与实现的中期报告 来自淘豆网www.taodocs.com转载请标明出处.